Nous sommes six ans après les événements de Kingdom Hearts II. En tant d’années, les choses ont considérablement changé. Les dangers d’hier sont des soucis bénins aujourd’hui, et au fil du temps, les héros ont surgi de là où on ne les attendait pas. Si Sora et Riku sont absents, ce sont les membres de la lumière qui combattent jour après jour contre les ténèbres.Ce n’est plus une quête solitaire qui ne concerne que certains élus. C’est une guerre de factions. Chaque groupe est terré dans son quartier général, se fait des ennemis comme des alliés. Vivre dehors est devenu trop dangereux. Être seul est suicidaire. A vous de choisir.
Les boss de chaque groupe se sont réunis avant que la guerre n'éclate... Hélas, cette soirée fut le théâtre d'attaques entre groupe, causant des dégâts dans certains mondes qui ne seront pas excusés. La guerre est imminente... chaque camp s'organise avec cette même certitude pour la bataille.